男性的肾脏的生理功能包括排出废物、物质转运、内分泌，具体如下：
排出废物肾血流量约占全身血流量的1/4-1/5左右，肾小球滤液每分钟约生成120mL，一昼夜总滤液量约170-180L。滤液经肾小管时，99%被回吸收，故正常人尿量约为1500mL/d。葡萄糖、氨基酸、维生素、多肽类物质和少量蛋白质，在近曲小管几乎被全部回收，而尿素、尿酸及其他代谢产物，经过选择，或部分吸收，或完全排出。肾小管尚可分泌排出药物及毒物，如酚红、对氨马尿酸、头孢霉素类等。
物质转运功能肾脏的物质转运功能主要是通过肾小管和集合管进行的，是维持机体内环境平衡和稳定的重要功能之一。
内分泌功能肾脏具有重要的内分泌功能，可以参与分泌肾素促红细胞生成素(EPO)、1,25-二羟维生素D、前列腺素和激肽类物质，参与血流动力学调节、红细胞生成、钙磷代谢和骨骼生长的调节等。